３　前二項の規定の適用に当たっては、
思想及び良心の自由を侵すようなことがあってはならず、かつ、団体の正当な活動を制限するようなことがあってはならない。

これはおかしな規定です。

もしもこの法案の適用範囲が、凶悪な犯罪を行うことを団体の目的とする
組織犯罪集団に明確に限られるのであるならば
「団体の正当な活動」などというものはありえないはずです。

このような但し書きは、適用範囲が一般の団体に広がる可能性があることを示しているのではないでしょうか。